特种集装箱主要区别于普通集装箱的尺寸和用途，普通集装箱按尺寸一般分为20英尺集装箱、40英尺集装箱和40英尺加高集装箱三种类型，在运输行业中，其他种类的集装箱被称为特种集装箱。它们可以承载特殊的货物，特种集装箱在使用之前需要向运输公司预定。
受欢迎的特种集装箱主要根据用途分为以下几类：
1.开顶集装箱
该特种集装箱最大的特点是顶部可以开启，利用吊机从集装箱的上部装入货物，不仅方便承载大量的钢铁、木材，还可以运输玻璃板等易碎的商品。开顶集装箱分为两类，一种是硬顶特种集装箱，由薄钢板制成；另外一种是用帆布或者塑料布卷盖的软顶特种集装箱，方便直接将盖顶卷起。
2.冷藏集装箱
该特种集装箱顾名思义的主要用途是保持运输货物的低温环境，常用于运输生鲜食品。冷藏集装箱在国际上分为两种，第一种在集装箱内具有制冷剂，称为机械冷藏集装箱；第二种只是在集装箱内设有气孔，称为离合式冷藏集装箱。这种特种集装箱可以在运输过程中保持货物的新鲜，大量使用于海鲜食品和水果食品的航运行业。
3.罐式集装箱
该特种集装箱主要装载液体，为了避免液体残留在容器中，内部一定需要做研磨抛光处理。一般情况下，罐式集装箱的顶部设有装货口，底部设有排气阀，卸货时可以从排气阀输出液体，也可以从装货口吸出液体。每个罐体下部通常设有加热器，从而对容器内部加热以降低液体粘稠度。
4.散货集装箱
该特种集装箱主要承运大米、大豆，出货口设立在箱门的下部，有利于提升装货和卸货的效率，并减轻了粉尘对环境的污染。
5.框架集装箱
该特种集装箱在外形上最特殊，四条柱的造型使其能够从侧面搬运牲畜、钢材等，裸装的运输方式可以节省许多运输材料。
特种集装箱根据特殊情况，解决了许多运输行业中的难题。它在尺寸和外形上的自由度也为客户提供了诸多选择的可能，完美地迎合了各种运输场景的需要。由于许多运输港口和运输车站没有直接配备专业的特种集装箱，用户可以根据自己的货物情况，在常见的几种特种集装箱中与运输公司预订。